L'ENS de Lyon et ses partenaires proposent à d'excellents étudiants internationaux des bourses (Ampère, Milyon et QuanTEdu-France) pour intégrer un de ses masters, en fonction du niveau de l'étudiant et de sa motivation pour les métiers de la recherche et de l'enseignement.

La bourse d’excellence Ampère de l'ENS de Lyon (une vingtaine de bourses sont attribuées chaque année) propose d’intégrer un de ses masters en Sciences exactes, Lettres, Sciences humaines et Sciences sociales (ne concerne pas les masters FEADéP).

Le Labex Milyon (laboratoire d'excellence) propose des bourses pour rejoindre les parcours de master Mathématiques avancées et Informatique fondamentale.

Le projet QuanTEdu-France finance une bourse par an pour les étudiantes et étudiants intéressés par une formation en sciences et technologies quantiques. Concrètement, cela consiste à rejoindre un master en Sciences de la Matière (Physique), Mathématiques avancées ou Informatique fondamentale, et à s'engager à effectuer un stage à l'ENS de Lyon en sciences et technologies quantiques. Le projet est financé dans le cadre du programme France 2030.